こんにちは。CCCと申します。
早速ですが２点質問があります。

K2Grep.exeにコマンドラインオプションが使えるかどうかと
ＧＵＩ、ＣＵＩ含めて文字コードを指定したGREPができないか？

という２点です。

ヘルプファイルの以下の記述を見ると自動認識モードしかないようではありますが。
＞K2EditorのGREP機能では、JISやEUCなどK2Editorの扱える文字コードのファイルも、きちんと認識し、GREPすることができます。
＞ただし、あまり短いファイルは変換に失敗するので、うまく当てることができない場合があります。

もし自動認識モードしかないようでしたら、文字コード指定もできるように
して頂けないでしょうか？